Kahramanımız olan karakterin adı Alex Mercer.Alex'in bir deney sonucunda sıra dışı özellikleri daha güçlü hale getirilmek istenirken, ortaya büyük bir virüs salgını çıkmıştır. Bu virüs insanlar için kötü bir kaderin başlangıcı olacaktır.
Salgın şehre büyük bir hızla yayılmaktadır. Bizim oyundaki amacımız bu salgını önlemek ve sorumlularından hesap sormak.
Alex, virüse karşı bağışıklık kazanmıştır.Ayrıca virüs sayesinde bir bina boyu sıçrayabiliyor, her yere tırmanabiliyor ve bir tankı patlatması için balyoz ellere sahip olabiliyor.
Alex'in bir sağlık göstergesi var. Bu gösterge aldığımız yaralar sonucu düşüyor. İhtiyacımız olan ise virüslü bir insan ya da canavar bulup öldürmek. Onları öldürdüğümüzde sağlığımız artıyor.
Oyunda görevleri yerine getirirken birçok nesneyi kullanmamız gerekiyor. Şehirde gezinmekte olan bir aracı bize saldırmakta olan helikoptere fırlatıp, düşürebiliyoruz, askerlerden bazukalarını alıp, araçlarını yok edebiliyoruz. Tankların içine girip bize zorluk çıkaran düşmanlarımızı ortadan kaldırabiliyoruz. Görevleri yaptıkça geçmişten bazı olayları hatırlıyoruz ve bize virüsün nasıl enjekte edildiğini anımsamaya çalışıyoruz.
Şimdi de teknik detayları inceleyelim: Telsiz konuşmaları oyunun heyecanını yükseltiyor. Müzikler Prototype'ın içeriğine uygun ayarlanmış. Çok detaylı ve oldukça iyi entegre edilmiş bir fizik motoru bizi karşılıyor. Kahramanımız güçlü bir bünyeye sahip ve yere düştüğünde etraftaki nesneleri kırabiliyor. Binada yukarı tırmanırken koştuğunuz yerlerde, camlarda çatlaklar oluşuyor. Çevremizdeki çoğu objeyi tutup fırlatabiliyoruz.
Oyunun kontrolü çok rahat, oynanabilirliği artıran bir yapıya sahip. Kolay anlaşılıyor ve istediğimizi yapabilme özgürlüğünü bize sunarken oyuncuyu bilgisayar başına kilitliyor.
